|
|
Use of residue-level annotations for structural prediction of protein-ligand binding sites
Břicháčková, Kateřina ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
V posledních 20 letech se počet experimentálních proteinových struktur v databá- zi Protein Data Bank rychle zvyšuje, což motivuje vývoj nástrojů pro predikci protein-ligand vazebných míst. Strukturní predikce vazebných míst má mnoho důležitých aplikací; je klíčovým krokem v komplexním procesu návrhu léčiv, pomáhá objevovat vedlejší účinky léčiv, umožňuje chápat biologické funkce pro- teinů a je využívá se i v mnoha jiných oborech, jako je protein-ligand docking nebo molekulová dynamika. Pokud je autorce známo, dosud nebyla provedena studie, která by systematicky zkoumala obecné vlastnosti známých vazebných míst na velkých datasetech. Tato práce se zaměřuje na analýzu těchto vlast- ností, s využitím existujících experimentálních i predikovaných anotací primární a terciální struktury proteinu. Je zde představena metoda pro statistickou analýzu těchto anotací, která je založena na testování hypotéz a odhadu velikosti účinku. Metoda je implementována v jazyce Python a lze ji jednoduše rozšířit o nové ano- tace definované uživatelem. Použití je demonstrováno na 33 existujících anotacích a čtyřech různých datasetech. Praktická významnost výsledků je otestována s po- mocí metody P2Rank. Výsledky i...
|
|
|
Algorithms for protein-ligand binding site discovery
Krivák, Radoslav ; Neruda, Roman (vedoucí práce) ; Mráz, František (oponent)
Prakticky každý proces v živých organismech je zajišťován promocí proteinů. Proteiny vykonávají svoji funkci buď vázáním se na další proteiny (protein-protein interakce), nebo na malé molekuly, tzv. ligandy (protein-ligand interakce). Aktivní místa pro protein-ligand interakce jsou tzv. kapsy v proteinové struktuře, kam se může ligand navázat. Predikce těchto kapes je obyčejně prvním krokem ke studiu funkce daného proteinu a taky zákledem k strukturálně orientovanému vývoji léků. V této práci jsme udělali přehled existujících metod a představili naše vlastní vylepšení. Vyvynuli jsme novou funkci pro ranking kapes, která je založená na predikci ligandability (schopnosti vázat ligand) budu vňe kapsy jen na základě chemických a geometrických vlastnosí lokálního okolí daného bodu.
|
host ::
RSS.